| 序号 | 实验室名称（京区） | 依托单位 |
| 1 | 光化学 | 中国科学院化学研究所 |
| 2 | 有机固体 | 中国科学院化学研究所 |
| 3 | 分子纳米结构与纳米技术 | 中国科学院化学研究所 |
| 4 | 胶体与界面科学 | 中国科学院化学研究所 |
| 5 | 光化学转换与功能材料 | 中国科学院理化技术研究所 |
| 6 | 分子识别与功能 | 中国科学院化学研究所 |
| 7 | 纳米生物效应与安全性 | 中国科学院高能物理研究所，国家纳米科学中心 |
| 8 | 活体分析化学 | 中国科学院化学研究所 |
| 9 | 纳米标准与检测 | 国家纳米科学中心 |
| 10 | 绿色印刷 | 中国科学院化学研究所 |
| 11 | 纳米系统与多级次制造 | 国家纳米科学中心 |
| 12 | 真空物理 | 中国科学院大学 |
| 13 | 管理、决策与信息系统 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 14 | 光学天文 | 中国科学院国家天文台 |
| 15 | 光学物理 | 中国科学院物理研究所 |
| 16 | 极端条件物理 | 中国科学院物理研究所 |
| 17 | 系统控制 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 18 | 粒子天体物理 | 中国科学院高能物理研究所 |
| 19 | 数学机械化 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 20 | 微重力 | 中国科学院力学研究所 |
| 21 | 太阳活动 | 中国科学院国家天文台 |
| 22 | 华罗庚数学 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 23 | 理论物理前沿 | 理论物理研究所 |
| 24 | 随机复杂结构与数据科学 | 中国科学院数学与系统科学研究院 |
| 25 | 软物质物理 | 中国科学院物理研究所 |
| 26 | 清洁能源前沿研究 | 中国科学院物理研究所 |
| 27 | 流固耦合系统力学 | 中国科学院力学研究所 |
| 28 | 凝聚态理论与计算 | 物理研究所 |
| 29 | 大数据挖掘与知识管理 | 中国科学院大学 |
| 30 | 计算天体物理 | 国家天文台 |
| 31 | 粒子加速物理与技术 | 高能物理研究所 |
| 32 | 页岩气与地质工程 | 中国科学院地质与地球物理研究所 |
| 33 | 矿产资源研究 | 中国科学院地质与地球物理研究所 |
| 34 | 东亚区域气候—环境 | 中国科学院大气物理研究所 |
| 35 | 陆地水循环及地表过程 | 中国科学院地理科学与资源研究所 |
| 36 | 油气资源研究 | 中国科学院地质与地球物理研究所 |
| 37 | 生态系统网络观测与模拟 | 中国科学院地理科学与资源研究所 |
| 38 | 青藏高原环境变化与地表过程 | 中国科学院青藏高原研究所 |
| 39 | 脊椎动物演化与人类起源 | 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所 |
| 40 | 地球与行星物理 | 中国科学院地质与地球物理研究所 |
| 41 | 中层大气和全球环境探测 | 中国科学院大气物理研究所 |
| 42 | 新生代地质与环境 | 中国科学院地质与地球物理研究所 |
| 43 | 大陆碰撞与高原隆升 | 中国科学院青藏高原研究所 |
| 44 | 区域可持续发展分析与模拟 | 中国科学院地理科学与资源研究所 |
| 45 | 计算地球动力学 | 中国科学院大学 |
| 46 | 环境生物技术 | 中国科学院生态环境研究中心 |
| 47 | 云降水物理与强风暴 | 中国科学院大气物理研究所 |
| 48 | 高寒生态学与生物多样性 | 青藏高原研究所 |
| 49 | 陆地表层格局与模拟 | 地理科学与资源研究所 |
| 50 | 饮用水科学与技术 | 生态环境研究中心 |
| 51 | 植物分子生理学 | 中国科学院植物研究所 |
| 52 | 心理健康 | 中国科学院心理研究所 |
| 53 | 动物生态与保护生物学 | 中国科学院动物研究所 |
| 54 | 基因组科学与信息 | 中国科学院北京基因组研究所 |
| 55 | 动物进化与系统学 | 中国科学院动物研究所 |
| 56 | 农业水资源 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 |
| 57 | 病原微生物与免疫学 | 中国科学院微生物研究所 |
| 58 | 感染与免疫 | 中国科学院生物物理研究所 |
| 59 | 光生物学 | 中国科学院植物研究所 |
| 60 | 微生物生理与代谢工程 | 中国科学院微生物研究所 |
| 61 | 北方资源植物 | 中国科学院植物研究所 |
| 62 | 核酸生物学 | 生物物理研究所 |
| 63 | 精准基因组医学 | 北京基因组研究所 |
| 64 | 行为科学 | 心理研究所 |
| 65 | 电子显微镜 | 中国科学院物理研究所 |
| 66 | 智能信息处理 | 中国科学院计算技术研究所 |
| 67 | 电磁辐射与探测技术 | 中国科学院电子学研究所 |
| 68 | 空间信息处理与应用系统技术 | 中国科学院电子学研究所、中国科学技术大学 |
| 69 | 微电子器件与集成技术 | 中国科学院微电子研究所 |
| 70 | 噪声与振动 | 中国科学院声学研究所 |
| 71 | 微波遥感技术 | 中国科学院国家空间科学中心 |
| 72 | 数字地球 | 中国科学院遥感与数字地球研究所 |
| 73 | 语言声学与内容理解 | 中国科学院声学研究所 |
| 74 | 网络数据科学与技术 | 计算技术研究所 |
| 75 | 分子影像 | 自动化研究所 |
| 76 | 定量遥感信息技术 | 光电研究院 |
| 77 | 半导体材料 | 中国科学院半导体所 |
| 78 | 炭材料 | 中国科学院山西煤炭化学研究所 |
| 79 | 工程塑料 | 中国科学院化学研究所 |
| 80 | 功能晶体与激光技术 | 中国科学院理化技术研究所 |
| 81 | 应用超导 | 中国科学院电工研究所 |
| 82 | 先进能源动力 | 中国科学院工程热物理研究所 |
| 83 | 绿色过程与工程 | 中国科学院过程所 |
| 84 | 风能利用 | 中国科学院工程热物理研究所 |
| 85 | 太阳能热利用及光伏系统 | 中国科学院电工研究所 |
| 86 | 低温工程学 | 中国科学院理化技术研究所 |
| 87 | 金牛体育洗码 | 中国科学院电工研究所 |
| 88 | 月球与深空探测 | 国家天文台 |
| 89 | 空间天文与技术 | 国家天文台 |
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